冻干机的自动控制首先要根据冻干曲线和设备运行时序用PC机编制一个冻干程序或周期，然后选定该周期投入运行，冻干机便可进行自动控制了。不同厂家生产的冻干机编程方法是各不相同的，即使同一厂家生产的冻干机由于配置，不同和产品的不断改进，也不完全相同。现以某一冻干机为例，说明自动周期的编辑方法。
一个自动周期包括：周期编号。真空控制的上偏差和下偏差，真空预报警和真空报警的数值，压升试验。
冻干工艺的自动周期可分为9个顺序区段。它们是装载，预冻，抽空，干燥，压升，预放气，压塞，放气和存储。控制顺序不能改变。
周期编辑实际上是填一份表格，并把它存入PLC中。下面还是按上述手动控制的假设，冻干曲线和设备运行时序为例，增加压升，预放气，压塞，放气和存储编制一个自动周期。
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